北京协和医学院（PUMC）病理系，是北京协和医学院建立最早的学系之一。尸检及外检工作在1916年已开始,百年来为我国及世界培养了大批人才，我国著名的病理学家，如胡正详、白希清、刘永、杨简、李铭新、王蘅文等，都出自协和病理系。经过百年的发展已成为集医疗、科研、教学为一体的现代化学系及科室，在国内及国际拥有较高的学术声誉及学科影响力。

北京协和医学院病理学系目前主任为陈杰教授，设3名副主任及1名教学秘书。学系承担医大八年制本科生、研究生院的博士生及硕士生的病理教学工作。在教学过程中不断进行改革，提高教学水平及教学质量，获得北京市精品课程、“教学创新团队”等荣誉称号。教学条件有了明显的改善，有宽敞明亮、标本齐全的病理标本博物馆等可以满足医学生的实习。数码互动教室的应用，大大提高了学生实习的效果。作为博士生和硕士生培养单位，自1978年以来已培养博士、硕士生及博士后共计数百名，毕业生遍布全世界。作为北京首批病理住院医师培训基地，已培养数十名合格的病理医师。学系培养数百名进修医师遍布全国各地，很多已成为全国的病理业务骨干。开展教学研究，目前承担教学研究课题10项。刘彤华院士、陈杰教授主编并出版教材及病理学专著10余部。

北京协和医院是卫生部指定的“全国疑难重症诊治中心”，病理科是全国疑难病理会诊中心。病理科每年接受超过2万例来自全国各地的疑难病理切片。以刘彤华院士为首的经验丰富的病理诊断专家，为广大病人提供准确的病理诊断，使疾病得到有效治疗。协和病理诊断在国内病理界享有很高的学术地位，是公认的“金标准”。在刘彤华院士领导下，病理科在人胰腺癌的生长因子、癌基因表达及突变等分子病理学研究等方面，在全国处于领先地位。同时在消化、内分泌、呼吸、妇科肿瘤、神经系统疾病及肿瘤等领域做了大量研究工作，取得了一系列成果。刘彤院士领导的分子遗传实验室，已被GSK作为全世界三个中心实验室之一，是全国唯一的国外认可实验室。