北京协和医院是国内较早参与全科医学工作的大型综合医院之一，内科戴玉华教授于1997年担任中华医学会全科医学分会第二届主任委员，于2005-2008年中华医学会全科医学分会名誉主任委员。在多年开展医学生全科教学实践和长期与社区合作的基础上，北京协和医学院全科学系于2014年正式成立。全科学系主任、北京协和医院普通内科主任曾学军教授现任中华医学会全科医学分会常委，学系副主任、急诊科朱华栋教授和普通内科方卫纲副教授，教学秘书、普通内科沙悦副教授等也在中华医学会全科医学分会担任委员等职务。学系以实现医学生教育－毕业后教育－继续教育持续发展，进行系统化、结构化、循序渐进的全科医师培养为远期目标，近期工作重点在于北京协和医院全科住院医生规范化培训基地的建设，重中之重是全科师资队伍建设和规培生培养。学系在协和遴选教师时主要是选择具有整体医疗观念、热爱教学、支持全科的临床各科室教师，进行高起点、广覆盖、自我教育为主的院内师资培训，并且面向住培基地的社区基地，采用上浮式和下沉式两种方式促进社区基地建设与师资培养。2014年至今招收全科规培生17名，2017年3名全科硕士研究生毕业，分别选择全科医学科、急诊科工作或留院读博士深造。学系与美国、澳大利亚、台湾普通内科、家庭医学/全科医学界有长期广泛的良好合作关系，聘请澳大利亚墨尔本大学医疗、口腔与健康科学院负责中国事务副院长，全科学系前主任Doris Young教授和台湾联新国际医疗集团总执行长、国务院深化医药卫生体制改革专家咨询委员会首届咨询委员、台湾家庭医学学会副理事长及候任理事长、台湾坜新医院院长张焕祯教授担任学系客座教授。在学系建设之初开展医疗质量、社区慢性病管理数据分析和医学生全科教学等相关科研工作并发表文章，积极倡导在国内推进全科医生临床技能的培训与提高，已举办2期全科医学临床技能培训和2期全科医学师资培训班，均受到国内同仁的欢迎与肯定。