北京协和医院中医科成立于1955年，1979年获得教育部中西医结合硕士学位授权一级学科点，1988年获得教育部中西医结合博士学位授权一级学科点。

中西医结合学系现有教授5名、副教授8名、主治医师8名、住院医师8名；其中博士生导师4名、硕士生导师5名。承担北京协和医学院、协和护理学院的《中医学》教学工作，北京中医药大学毕业生的实习任务、进修生和外国留学生的中医临床教学任务，北京协和医学院中西医结合博士、硕士研究生和“西部之光”等的培养任务以及国家中医药管理局的师承工作。共培养博士生25名，硕士37名；结业师承人员10名。承担北京协和医学院教育改革项目等教育教学科研课题多项。2009年《中医学》课程被评为北京协和医学院精品课程。自编《中医学》及《汉英中医学精要》两部特色教材。多次获得北京协和医院教学先进集体，曾获北京市高等教育委员会教学成果二等奖。

学系先后承担和完成“十一五”国家计划支撑项目、国家自然科学基金、卫生部及国家中医药管理局基金、卫生部行业专项基金、北京市自然科学基金、首都医学科研发展基金等课题40余项，发表论文400余篇，其中SCI文章近30篇，获各级优秀论文近20篇。主编和参与编写的书著30余部，获优秀图书7部。论文多次在国内外学术会议上交流。获得卫生部科技成果奖、北京市科技成果奖、中华中医药学会科技成果奖、中国中西医结合学会科技成果奖、世界传统医学成果奖等20余项。学系成员在全国学会担任常务理事、理事、副主任委员、常务委员及国家级杂志担任副主编、编委的人数达21人次以上。

2002年被批准为北京市综合性医院示范中医科。2005年被批准为“十一·五”期间北京中西医结合糖尿病特色诊疗中心。2007年被批准为国家中医药管理局重点糖尿病专病建设单位及全国综合性医院中医药示范单位。2009年获国家中医内分泌（糖尿病）药物临床试验机构资格。2011年被评为国家临床重点专科（中医内分泌）建设项目单位。2012年被评为国家中医药管理局“十二·五”中医药重点学科建设单位。