在老协和，八年制医学教育以其严格要求而著称，加之其后三至五年的住院医师制，千锤百炼锻造出一批中国现代医学的先驱者、卓越的大医生。然而，新中国成立初期，国家主要是把协和医学院和医院作为宝贵的医疗资源和技术力量加以重视，对其教学特点和优势尚未充分注意。
随着20世纪50年代初中国和苏联关系的不断升温，苏式普及、实用型的高等教育模式经由苏联专家们的言传身教，在中国掀起了学制改革和院校调整的热潮。1953年，协和医学院改为为全军培养高级师资和提高部队医务干部水平的进修学院，停止招收医学生。不仅如此，大批的协和学科领头人被调走创办新的医疗机构，为全国输送了大批医学领军人才，但协和的人才储备捉襟见肘。
张孝骞对此忧心忡忡，他在心里反复思考着几个问题：协和医学院的性质更改后，还能不能承担为国家培养优秀医学人才的重任？如何定位以后的发展方向？他认为，我国仍然需要一所较长学制和高水平的医学院，以培养较高水平的医疗、教学和科研人才。
1957年3月，张孝骞在先后参加的中国人民政治协商会议，中华医学会、协和医学院等学习讨论会上直言不讳地表达了自己的想法。3月22日，张孝骞在《人民日报》第二版发表了《目前医院工作中的几个问题》。1957年5月14日，张孝骞又在《健康报》发表《医学教育中要解决的几个问题》，提出了著名的“医学教育三问”：“一问高等医学教育的要求到底是什么？二问我们要培养出哪样的学生？三问临床医学到底要怎样来教和学？”在这篇文章中，张孝骞重点阐述了毕业后教育的重要性。他指出，医学是一门非常复杂的学科，短期内根本无法培养出合格的临床医生。“在校医学教育主要是给学生以必要的基本知识特别是基础科学的基本知识，以及临床操作与临床思维的正确方法。毕业后训练是巩固在校训练的必要步骤，是每一青年医生毕生中的一个关键性阶段。医学教育的在校阶段和毕业后阶段是相辅相成，不可偏废的。把二者合并在医学院完成，更是不现实的。”“过去由于事实上的需要，许多刚毕业的医学生就被派到重要的岗位上去独立工作，因而跳过了这一学习阶段，这是很不妥善的。今后情况改善，国家应当能够为绝大多数医学生的毕业后训练作出适当的安排。”
随后，张孝骞撰文《中国协和医学院应该恢复医学生教育》，上书中央谏言恢复协和长学制的医学教育。
▲ 张孝骞“建议”的誊清稿
张孝骞认为，我国的医学教育既要满足目前的需求，又要进行长远的规划。从医学人才的培养路径到如何克服当时医学教育的困境，从提出建立高质量医学教育中心到建议协和及其他已经具备条件的类似机构作为试点，张孝骞全面地为我国医学教育体系建设提出了高屋建瓴又符合实际的建议。
他极力主张，“从速开办几处年限较长、学生较少、基础课程较好、教学质量较高的医学教育中心。这样做是符合国家的长远利益的。”“若是这个论点正确的话，让我们来考虑有无必要和可能在协和恢复这一类的医学教育”。
张孝骞的建议得到了周恩来同志、彭真同志和陆定一同志的支持。1958年，陆定一部长和中国医学科学院党委书记张之强就“培养了世界一流医学人才、为我国作出过重要贡献的老协和要不要恢复”进行了长时间的商谈。
1959年6月，中国医学科学院受命筹建八年制医学院，周恩来总理亲自定名为“中国医科大学”。中央指示，“只要有党的领导，可按照老协和医学院的办法办”，该方针后来被简化为“党的领导加旧协和”。经过3个月的紧张筹备，中国医科大学成立，9月5日开学典礼在东单三条礼堂举行。中国医学科学院院长黄家驷被任命为中国医科大学校长。
1960年5月，陆定一同志在全国文教书记会议上再次强调“基础理论知识只许提高，不许降低，只许广，不许窄”，中国医大八年制不许动。
张孝骞终于盼到了这一天。多年来，他从没想过放弃，即使受到误解和污蔑，甚至被戴上“复辟旧协和的一套”的帽子，他仍初心不改。他说：“我们应当从整体出发，而不应单纯为协和考虑。今天的关键是，国家应不应该开办这样的医学院，次要的问题才是利用哪些医学院来办。”正是由于他的深谋远虑、坚持真理，才使得国家和政府下大力气把这样一所投入高、学制长、学生少的医学院校恢复起来。
1960年前后，林钧才、董炳琨相继担任院领导。采取“五定”措施：定方向、定任务、定人员、定设备、定制度，从查房、会诊、病例讨论、消毒隔离、临床送检、交接班等入手，健全医疗记录，加强病案管理，建立医疗护理常规，进行基础训练，恢复学术活动。出台了《关于协和医院当前加强医院管理，提高医疗质量的十二条意见》《医院工作暂行条例》等标志性文件，使医院各项工作摆脱“忙、乱”局面，趋于规范，基础医疗质量有效提高。这些治理整顿工作迅速改变了医院面貌，也为协和在“文化大革命”后的复苏起到了决定性作用。这段时期在协和医院历史上被称之为“林董时期”。
▲ 《关于协和医院当前加强医院管理，提高医疗质量的十二条意见》
▲ 林钧才（右）与董炳琨（左）
在深入调查研究、客观分析老协和制度、深刻理解“协和育才之路”的基础上，协和医院从国内一流医学院中选拔多批优秀学生来院接受严格的基本训练，借此将几十年实践证明有效的总住院医师制、住院医师制、实习医师制等重新恢复起来。1962年，《老协和医学院教学工作经验初步总结》中提出了“三基三严”原则。“三基”即基础理论、基本知识、基本技能；“三严”即严肃的态度、严格的要求、严密的方法。这一在医疗、教学、科研中普遍适用的原则很快传遍了全国。