北京协和医院眼科成立于1920年，是我国最早成立的眼科。许多国际一流的眼科学家，如Dr. Harvey Howard、Dr. Fuchs 父子曾在这里主持工作，被誉为“东方的维也纳眼科中心”。从二十世纪二十年代起，协和眼科学系举办多期眼科学习班，我国许多著名的眼科专家都曾在北京协和医院眼科学习。经过90年的发展，协和眼科形成了基础扎实、工作严谨、临床和科研并进的传统，成为专业齐全，融医、教、研一体的眼科基地，整体水平在国内处于领先地位，一些项目达国际先进水平。协和眼科是国内首批硕士、博士学位培养点和博士后流动站，1984年成为中国医学科学院眼科研究中心, 2011年成为首批住院医师规范化培训基地，2013年成为国家重点专科。

协和眼科目前拥有东单和西单两个诊区，眼科病房设在东单协和诊区，共有床位49张。协和眼科设有眼底病、青光眼、角膜和屈光、神经眼科、葡萄膜炎、斜视和弱视、眼眶和整形、眼遗传、眼科流行病与防盲专业学组，还设有眼科实验室供临床和研究使用。现任科主任为钟勇教授、陈有信教授和张美芬教授。

协和眼科在各个专业领域内都有经验丰富的知名专家为来自全国各地的疑难眼病患者服务。随着2012年协和新门诊楼和新外科大楼的使用，配备了与世界一流眼科中心接轨的诊疗设备，协和眼科的诊疗环境大幅提升。目前协和眼科开设有普通门诊（东单和西单院区）、专科门诊、特需门诊和国际医疗部门诊，满足患者对医疗的多层次需求，年门诊量15万人次以上。协和眼科开展玻璃体视网膜手术、飞秒激光矫正近视手术、白内障摘除手术、有晶体眼人工晶体植入手术、斜视矫正术、眼整形手术等各类眼科手术，年手术量超过1万台。此外协和眼科还出色完成国家及国家卫生计生委的支边扶贫、援疆援藏、援非、援澳等医疗任务。