1951年1月20日，中央人民政府卫生部接管私立北平协和医院，接管后，私立北平协和医院更名为北京协和医院。

20世纪50年代，协和将培养和积蓄的大批医学人才输送到全国军队和地方各主要医学院校、科研机构和医院，在新中国医疗卫生事业发展和医疗卫生服务体系建设中起到了不可替代的重要作用。图为协和向全国输送人才的地区分布。

1957年，张孝骞上书中央建议恢复协和医学院，周恩来总理亲自为学校定名为“中国医科大学”，中央指示：“只要有党的领导，可按照老协和医学院的办法办”，该方针后来被简化为“党的领导加旧协和”。图为张孝骞建议的誊清稿。

1965年6月26日，毛泽东主席作出“把医疗卫生工作的重点放到农村去”的“6·26”指示。自1965年至1977年12年间，协和共派出由著名专家组成的医疗队94批，共计1458人次，足迹遍布19个省市的60余个地区，林巧稚、张孝骞、曾宪九、黄家驷、吴英恺、刘士豪、李洪迥等知名专家都参加了农村巡回医疗队。图为1965年农村巡回医疗队在湖南湘阴合影。

1971年，美国国务卿基辛格为尼克松总统访华做前期准备来访，随行的《纽约时报》副社长因急症紧急送到协和，经吴蔚然、曾宪九、朱预等手术后康复出院。协和的出色表现受到周恩来总理的表扬。图为1971年7月26日《纽约时报》头版发表作者在协和就医经历的文章。

1985年，由协和妇产科宋鸿钊院士牵头的《绒癌的根治疗法及推广》荣获国家科技进步一等奖，该研究使绒癌从死亡率90%到根治率90%。图为宋鸿钊（左一）带领课题组成员查房。

1991年，在全国首次进行的医院等级评审中，北京协和医院以最高分通过评审，成为国内首批三级甲等医院。

1991年，在北京协和医院建院70周年之际，医院举办“协和精神研讨会”，全院上下广泛讨论，总结出“严谨、求精、勤奋、奉献”八个字作为“协和精神”的表述。

1992年，由协和内分泌科史轶蘩院士牵头九科室联合开展的《激素分泌性垂体瘤的临床及基础研究》荣获国家科技进步一等奖。图为史轶蘩（站立者）与课题组部分成员在讨论病例。

2003年，在抗击非典重大战役中，协和开设四个病区，一千余名医护人员参与一线救治，中国用于非典疫苗研制唯一合格的SARS病毒株由协和人亲手采集，被命名为“PUMC”病毒株。

2008年奥运会期间，协和被指定为奥运医疗定点医院。医院派遣128名业务骨干奔赴6大现场，上百位专家坐阵奥运病房，通过多科协作，成功抢救美国刀扎伤游客，为降低突发事件的影响作出贡献。图为美国驻华大使馆代表美国政府对协和全体医护人员表示衷心感谢。

2011年1月，上海复旦大学医院管理研究所首次发布“中国最佳医院排行榜”，北京协和医院位居第一。迄今为止，协和连续蝉联该榜榜首。

2012年9月28日，北京协和医院新门诊楼正式启用，一个楼内收纳全部门诊功能，患者“足不出户”就可完成所有就诊流程。随后急诊楼、外科楼相继启用，协和医疗服务再次升级。图为新门急诊楼鸟瞰图。

2015年8月，协和牵头执行中组部、人社部和国家卫生健康委组织的“组团式”医疗援藏任务，选派业务骨干赴西藏自治区人民医院开展“造血式”医疗帮扶。

2015年10月31日，在2015协和住院医师培训国际论坛暨第五届西湖论坛上，由北京协和医院牵头，联合国内一流教学医院共同成立“中国住院医师培训精英教学医院联盟”。

2016年5月25日，北京协和医院临床医学博士后项目正式启动，是协和恢复小规模“医学精英”教育、创建适合我国国情并与国际接轨的高端医学人才培养模式上迈出的重要一步。图为临床医学博士后项目启动会现场。

2017年6月8日，北京协和医院转化医学楼开工仪式在老门诊楼旧址上举行。该项目将建成五大核心系统、十五个平台，计划于2020年建成试运行，2021年协和建院百年之际正式投入使用。图为转化医学楼开工仪式现场。

2017年11月，受国家卫生计生委派遣，由协和专家带队的“中国—老挝眼科光明行”医疗队赴老挝首都万象开展白内障手术。此间对老挝展开国事访问的中共中央总书记、国家主席习近平亲切接见了医疗队成员并作交流。图为习近平主席与医疗队成员合影。

2018年10月24日，由协和牵头的“中国罕见病联盟”成立，北京协和医院院长赵玉沛院士担任联盟理事长。联盟旨在整合我国罕见病防治资源，提高罕见病诊疗水平。图为《中国第一批罕见病目录释义》赠书仪式。

2018年12月21日，协和举办“以人民为中心，一切为了患者”主题活动暨百年协和倒计时1000天启动仪式，面向协和未来发展，赵玉沛院长在讲话中提出建设“六大体系”的“规划图”。图为百年协和倒计时1000天启动仪式现场大合影。