中国医学科学院肠道微生态临床疾病转化研究重点实验室成立于2019年2月，依托于中国医学科学院和北京协和医院，汇集消化内科、心内科、风湿免疫科、基本外科等多学科团队的优秀人才力量，并邀请国内外肠道微生态临床疾病研究领域专家任顾问组及学术委员会而建成。本重点实验室主任由北京协和医院消化内科李景南教授担任。
肠道微生态是目前的研究热点，涉及多个领域，本重点实验室的主要研究方向包括如下：针对肠道微生态在我国多疾病中的发病机制和诊断治疗中的应用进行精准研究，制定肠道微生态与临床疾病相关的临床共识和规范并全国推广。本实验室同时注重多学科团队的科研协作和团队建设，注重基础与临床科研的转化研究。
本实验室自筹建以来，已在多个方面积累了工作基础和技术设备平台，包括建立多个肠道微生态研究相关的临床人群队列及数据库、开展多项肠道微生态研究相关的基础研究、开展粪菌移植在相关疾病中应用的初步探索等。团队已发表多篇相关论文，举办多次学术研讨会。
本实验室的宗旨和目的是促进院所基础研究的提高和基础研究向临床研究的转化，并促进院所内部及与国内外相关学术机构的交流与合作。在肠道微生态领域开展基于临床问题的高水平前沿性基础及临床转化研究。
