北京协和医学院口腔医学系成立于2012年，根植于北京协和医学院底蕴深厚、实力博精的强大平台，秉承北京协和医院口腔科历史悠久、注重专业技能培养的特色，实行教学、医疗、科研一体化管理，以人才培养、科学研究、社会服务、文化传承与技术创新为己任，逐步完善健全口腔医学专业硕士学位授权点，着力培养素质全面、临床技能扎实、具有较强科研思维能力的高水平应用型口腔医学人才。

学系坚持“以学科建设为龙头，师资队伍建设为核心”的理念，逐渐构建了一支结构合理、综合素质高、团结进取的教学队伍，具备口腔颌面外科、修复、正畸、牙体牙髓、牙周、儿童牙病、口腔黏膜疾病等7个专业方向，拥有独立的实验室。现有教师48名，其中教授7名，副教授16名，硕士研究生导师9名，多名专家分别从美国、奥地利、荷兰、日本、德国等国家留学进修归来。在国家级、北京市级等多个专业学术团体担任主委、副主委2人。

学系重视科研工作，以损害人类健康和生存质量的口腔疾病发病机制和临床防治新技术为主线，汇聚研究团队，组织多专业联合攻关，开展广泛的国内外合作与交流；结合自身优势，并联合北京协和医学院其他学系，凝练出特色鲜明的稳定的研究方向：激光在口腔医学中的应用的基础与临床研究；口腔颌面部先天、后天畸形的整复；口腔镇静镇痛技术的基础与临床研究；口腔健康与全身健康相关性的基础与临床研究等。承担了国家自然科学基金、首都医学科研发展资金、国家“十一五攻关”项目（子课题）等各级课题，在核心期刊发表论文60余篇，出版专著2部，参编著作10余部，获准专利3项，承担国家级继续教育项目2项。