1921年北京协和医院建院之初即设立了儿科，当时儿科隶属于内科，但设专人管理。1923年协和儿科正式建立。1936年诸福棠成为协和第一位中国籍儿科主任。协和儿科培养了吴瑞萍、范权、陈翠贞等儿科大家和著名教授。1947年协和复院、 1961年重建协和医院儿科时，周华康教授两度担任主任。经过几代人数十年的不懈努力，协和儿科逐渐发展，发挥综合医院多科协作的整体优势，疑难病诊治方面在国内儿科系统享有盛誉。同时设有新生儿、临床遗传学、小儿肾脏/风湿病、小儿消化系统疾病以及小儿血液肿瘤疾病等多个专业学科，许多疑难重症患儿在这里得到了正确诊治。

2014年协和儿科学系成立，由协和医院儿科、首都儿科研究所附属儿童医院、中国医学科学院血液病医院儿童血液病诊疗中心和中国医学科学院阜外医院小儿外科中心组成。协和儿科秉承“严谨、求精、勤奋、奉献”的协和精神，全心全意为患儿服务。

协和儿科学系承担着协和医学院和护理学院的本、硕、博、继续教育及实习带教工作，住院医生和进修、实习的临床培训。是北京市住院医师培训基地，是国家教委批准的博士学位、硕士学位授予点，博士研究生导师5人，硕士研究生导师8人，多年来儿科培养出几十名博士、硕士研究生，每年还招收来自全国各地的进修医生。十余年来，坚持每年举办一次疑难病诊治学习班，同时接收、培训来自全国各地的进修医生，很多人学成返院后成为当地医院的带头人和学科骨干。

北京协和医院儿科注重临床科研，承担过多项国家、卫生部、医科院、教委、协和医院等立项的科研课题和多项国际合作项目，曾多次获得国家、卫生部科技进步奖。在国内外专业期刊上发表论文200余篇，参与著书数十部。